Το ταμείο διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο(Δ.Σ) και τον Πρόεδρο του Δ.Σ, οι αρμοδιότητες των οποίων ορίζονται από το άρθρο 191 του ν. 3852/2010. Το διοικητικό συμβούλιο συγκροτείται με απόφαση του περιφερειάρχη για πενταετή θητεία και αποτελείται από:
- τον περιφερειάρχη ως πρόεδρο,
- ένα μέλος της εκτελεστικής επιτροπής της περιφέρειας,
- ένα μέλος της οικονομικής επιτροπής της περιφέρειας,
- έναν εκπρόσωπο του πρώτου επιλαχόντος συνδυασμού που υποδεικνύεται από αυτόν,
- δύο εκπροσώπους προερχόμενους από τις εργοδοτικές οργανώσεις και τα οικεία Επιμελητήρια,
- έναν εκπρόσωπο προερχόμενο από τις εργατικές ενώσεις,
- δύο προϊσταμένους υπηρεσιών της περιφέρειας οριζόμενους από τον περιφερειάρχη, κατά προτίμηση από την οικεία Διεύθυνση.
Το διοικητικό συμβούλιο επιμελείται των υποθέσεων και των συμφερόντων του ταμείου και το διοικεί. Αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικό με τις αρμοδιότητες του ταμείου, εκτός από τα θέματα που ανήκουν στην αρμοδιότητα του προέδρου.