Οι πόροι του ΠΤΑ-ΠΔΕ προέρχονται από:
- Ποσοστό από τις χρηματοδοτήσεις τις οποίες διαχειρίζεται και το οποίο προσδιορίζεται με απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας.
- Έσοδα από την επιβολή τελών, δικαιωμάτων και εισφορών.
- Έσοδα από τη συμμετοχή σε Προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
- Έσοδα από τη σύναψη δανείων.
- Έσοδα από την παροχή υπηρεσιών, την εκτέλεση εργασιών και τη διεξαγωγή ερευνών και την εκπόνηση μελετών και προγραμμάτων.
- Έσοδα από κάθε είδους επιχορηγήσεις.
- Έσοδα από δωρεές, κληροδοτήματα, κληρονομιές.
- Έσοδα από την περιουσία του Ταμείου.
- Έσοδα από κάθε άλλη πηγή.